砷(As)是一种全球分布广泛的有毒类金属元素，可以通过多种途径进入食物链。通过食物链传递以及地下水饮用，砷污染已严重威胁到人类的身体健康。环境中的砷污染问题促使微生物的砷生物转化功能成为近年来的研究热点，对于了解微生物在砷污染环境中的修复潜力至关重要。鸟枪式宏基因组测序开辟了一条新途径，可以促进我们对不同环境中微生物群落砷转化能力的理解。然而，由于公共直系同源数据库中砷转化功能基因家族的覆盖率低和定义不准确，对于砷转化功能微生物群落的准确宏基因组分析仍然具有挑战性。在这里，我们开发了一个精选的砷功能基因数据库 (AsgeneDB)，其中涉及4种砷代谢途径（氧化、呼吸、还原和甲基化过程）、59个砷生物转化功能基因家族以及340000条代表序列。AsgeneDB涵盖了细菌、古菌和真菌的46个门和1653个属，还包括535个同源直系组以减少假阳性序列分配。AsgeneDB通过整合多个直系同源数据库，具有高特异性、全面性、代表性和准确性的特点，可快速分析微生物群落的砷代谢转化功能。AsgeneDB被应用于分析来自四个不同栖息地（淡水、温泉、海洋沉积物和土壤）的宏基因组测序数据,结果表明微生物群落的砷转化功能基因丰度以及功能驱动物种在不同栖息地中差异显著。因此，我们开发的AsgeneDB有望成为对环境中砷转化功能微生物群落进行快速准确的宏基因组分析的有用工具。