好氧堆肥被普遍认为是一种经济可行、环境友好的技术，可以有效地防止ARGs和ARBs从粪肥向农田土壤扩散。堆肥后粪源抗生素与ARGs的变化情况已有大量研究，然而，施用不同成熟阶段的粪肥后的土壤-蔬菜系统中ARGs的传播途径和潜在的生态风险尚不清楚。因此，本研究通过盆栽实验，以叶菜类植物（上海青）和块茎类植物（胡萝卜）为例，研究不同成熟阶段的畜禽粪便堆肥以及市售粪肥对不同类型土壤-蔬菜系统中ARGs和微生物群落的影响。研究发现，堆肥可以有效降低粪源ARGs进入土壤-蔬菜系统，熟化程度越高的肥料引入的ARGs丰度越少；对比市售粪肥，实验室堆肥引入土壤-蔬菜系统的ARGs丰度相对较低；在抗生素的选择压力下，ARGs可以经根际土壤转移到植物的根内生菌并进一步迁移到植物的叶际，不论叶菜类植物还是块茎类植物，都显著降低了土壤-植物系统中ARGs的丰度，但叶菜类植物-土壤系统中各界面ARGs的总丰度显著高于块茎类植物-土壤系统；叶菜类植物-土壤系统中ARGs的总丰度在不同界面的分布大致呈现：根际土壤>非根际土壤>叶际>植物根系的趋势，而块茎类植物-土壤系统中的分布则大致呈现：根际土壤>非根际土壤>植物根系>叶际的趋势。冗余分析和网络分析结果揭示了ARGs和细菌群落之间的关系，tetA、tetG、tetX、sul2和qnrS基因与潜在致病菌呈显著正相关。综上所述，本研究为施用不同成熟阶段粪肥土壤中ARGs在土壤-蔬菜系统(非根际土壤、根际土壤、根和叶)之间传递的途径提供了新的证据。突出抗生素抗性从粪肥转移到土壤最终到人类食物链的潜在安全危险。